Stargate Universe, gizli üsleri saldırıya uğradığında bir Stargate'ten zorla geçmek zorunda kalan bir grup asker, bilim insanı ve sivilin hikayesini takip ediyor. Umutsuz hayatta kalanlar, bilinmeyen bir rotada kilitlenmiş antik bir geminin içinde ortaya çıkarlar ve Dünya'ya geri dönememektedirler. Gıda, su ve hava gibi en temel ihtiyaçlarını karşılama mücadelesi verirken, grup hayatta kalmak için geminin Stargate'inin sırlarını çözmek zorundadır. Destiny gemisinde buldukları tehlike, macera ve umut, aralarındaki kahramanları ve kötüleri ortaya çıkaracaktır.