Hollandalı ticaret gemisi Erasmus ve hayatta kalan mürettebatı, şiddetli bir fırtınanın ardından Japonya'nın doğu kıyısındaki Injiro'ya karaya vurur. Geminin İngiliz navigatörü Pilot-Binbaşı John Blackthorne, samuray savaşçıları tarafından esir alınır. Daha sonra geçici olarak serbest bırakıldığında, Japonya'daki diğer Avrupalılarla, yani Portekizli tüccarlar ve Cizvit rahipleriyle ilişkilendirilen bir İngiliz olarak kimliğini, içine sürüklendiği ve hayatta kalmak için uyum sağlamak zorunda olduğu yabancı Japon kültürüyle dengelemek zorundadır. Bir İngiliz olarak Blackthorne, düşmanı olan Portekizliler ve Katolik Kilisesi'nin Cizvit tarikatıyla hem dini hem de siyasi olarak çatışma halindedir. Japonya'daki Katolik varlığı, Protestan ve dolayısıyla sapkın olan Blackthorne'u siyasi bir dezavantaja sokar. Ancak aynı durum, Japonya'da yayılan bu yabancı dine güvenmeyen etkili Lord Toranaga'nın dikkatini çekmesini de sağlar. Lord Toranaga, Japonya'nın askeri valisi olan Shōgun'un çok güçlü pozisyonu için, aralarında Katolikliğe geçmiş olanların da bulunduğu, benzer soydan gelen diğer samuray savaş beyleriyle rekabet halindedir.