Valkyria Chronicles, 1930'ların Avrupa'sını andıran kurgusal bir kıtada geçmektedir. Europa adı verilen bu kıta, doğudaki monarşi olan İmparatorluk İmparatorluğu ve batıdaki Federasyon adlı demokrasi ittifakı olmak üzere iki ana güce ayrılmıştır. Bu dünyada, savaş silahlarını beslemekten tıbbi tedavilere kadar geniş bir kullanım alanına sahip olan ragnit adında çok önemli bir kaynak bulunmaktadır. Ragnit bu kadar önemli bir kaynak olduğu için, Federasyon ve İmparatorluk onun için sürekli birbirleriyle savaş halindedir. Hikaye, İmparatorluğun ragniti ele geçirmek için işgal kararı aldığı, bol ragnit rezervleriyle tanınan tarafsız ülke Gallia'da geçmektedir. Hikaye, eski bir savaş kahramanının oğlu Welkin'i; Welkin'in Darcsen üvey kız kardeşi Isara'yı ve Bruhl kasaba muhafızlarından Alicia'yı, derme çatma Gallia milis gücü 7. Bölük'te İmparatorluk askerlerine karşı savaşırken takip eder. 7. Bölük, Welkin'in bölük lideri ve Edelweiss tankının komutanı; Alicia'nın gözcü; Isara'nın Edelweiss'ın pilotu ve çeşitli renkli bireylerin katılımıyla evlerini ve geçim kaynaklarını geri kazanmak için savaşır.