Mantığı simgeleyen Mavi Dünya, içgüdüyü simgeleyen Kırmızı Dünya'dan gelen Nightfly O'Note adlı yaratıkların sürekli saldırısı altındadır. Mavi Dünya'da araştırmacı olan 17 yaşındaki kahraman Akira Asagi, Ishigaki ve Iriomote adalarındaki gururlu bir savunma tesisi olan Ryuukyuu LAG'da savaşa liderlik etmekle görevlendirilir. Dördüncü birim, dört yıl önce beşinci birimi yok eden şiddetli bir savaşın ardından kurulmuş altıncı savaş birimi "IS" ile tanışır. Akari, bu altı biniciyi, diğer adıyla Scared Rider Xechs'i, diğer dünyayla savaşırken aynı zamanda aralarındaki ilişkiyi derinleştirmek için yönetmelidir.