Var olduklarını bilmeyen bir dünyayı korumak. Mutant X, genetik mühendislik sonucu olağanüstü güçlere sahip insan mutantlarından oluşan bir ekip. Diğer yüzlerce farkında olmayan denek gibi, bu insanlar gizli bir hükümet projesinde gerçekleştirilen deneylerde değiştirilmişlerdir. Olayların kontrolden çıktığını fark eden, onları yaratan organizasyon şimdi acil bir "ürün geri çağırma" operasyonuyla peşlerine düşmüştür. Mutant X'in misyonu, diğer yeni mutantları bulmak, onların şaşırtıcı yetenekleriyle barışmalarına yardımcı olmak ve onları yaratıcılarından korumaktır.