M.S. 71: Doğalların (OMNI) ve Koordinatörlerin (ZAFT) arasındaki savaşın ortasında, ZAFT'tan bir birlik, tarafsız Heliopolis kolonisindeki Dünya İttifakı'nın yeni geliştirilmiş mobil zırhlılarını ele geçirmek üzere gönderilir. Orb Sivil Koordinatörü Kira Yamato, Heliopolis'teki teknik koleje devam etmektedir. ZAFT, 5 mobil zırhlıdan 4'ünü ele geçirdikten sonra, Kira sonuncusu olan Strike'ı bulur ve kendi hayatını ve arkadaşlarının hayatını kurtarmak için onu kullanmak zorunda kalır. Bu karmaşa sırasında Kira, çocukluk arkadaşı Koordinatör Athrun Zala ile de yeniden bir araya gelir, ancak ironik bir şekilde Athrun'un bir ZAFT askeri ve Heliopolis'teki korsanlardan biri olduğu ortaya çıkar. Strike'ın kontrolünü ele geçiren Kira, arkadaşlarını korumak için Archangel gemisine binen Dünya İttifakı'na katılırken, çocukluk arkadaşının ve halkının düşmanı olma düşüncesiyle umutsuzluğa kapılır.