Gazth-Sonika ülkesinde iç savaş sürmektedir. Burada, neredeyse doğaüstü bir yetenekle işini yapan bir paralı asker olan Madlax faaliyet göstermektedir. Görünüşte huzurlu Nafrece ülkesinde ise Margaret Burton sakin bir yaşam sürmektedir. İki hayat ne kadar ayrı görünse de, gizemle bağlı olan bağlarla ve gölgeli Anfan organizasyonu tarafından da aranan bir kutsal kitapla birbirlerine bağlıdırlar. Margaret ve Madlax kaderlerinin yolunu takip ederken, gerçeği ortaya çıkarmaya her geçen gün daha da yaklaşırlar - ancak bu gerçeği öğrenmeye dayanabileceklerine dair hiçbir garanti yoktur.