Gelecekte bir evrende, insanlık Zentradi olarak bilinen dev bir ırka karşı savaş verdi. Düşmanlarının elinde yok olmanın eşiğine gelen insanlık, yıldızlara kaçtı. M.S. 2059'da, Macross Frontier olarak da bilinen 25. Dev Göç Filosu, galaksinin merkezine doğru yolculuğuna devam ediyor. Macross Frontier'daki yaşam büyük ölçüde normal seyrinde ilerlemektedir. Ancak ünlü şarkıcı Sheryl Nome ziyarete geldiğinde işler karışır. Gizemli biyomekanik uzaylılar olan Vajra'lar ortaya çıkar ve saldırır, tam da vatandaşlar Sheryl'e akın ederken. 17 yaşındaki öğrenci mech pilotu Alto Saotome, uzaylı tehdidine karşı mücadeleye katılır. Bir Vajra ile savaşırken Alto, Ranka Lee adında genç bir kızı kurtarır. Binbaşı Ozma Lee, Alto'nun savaş sırasındaki yeteneğini fark eder ve onu Stratejik Askeri Hizmetler programına alır. Ancak işe alımı sorunsuz ilerlemez, çünkü Alto'nun geçmişinin hayaletleri onu rahatsız etmeye başlar.