2067 yılında, Macross Frontier olaylarından sekiz yıl sonra, "Var Sendromu" adlı ölümcül bir yeni hastalık galaksiyi tehdit etmektedir. Taktiksel Müzik Birimi "Walkure", "Delta Takımı" Valkyrie'lerinin koruması altında, bu yeni tehditle mücadele etmek için bir araya gelir. Var Sendromu salgını sırasında, Walkure birimi aniden Rüzgar Krallığı'ndan gelen gizemli "Aerial Knight" Valkyrie Takımı tarafından saldırıya uğrar ve bu saldırının ardındaki motivasyon bir sır olarak kalır...