Kanokon'un hikayesi, kırsaldan şehre taşınan ve Kunpo Lisesi'ne nakil olan genç bir birinci sınıf lise öğrencisi Kouta Oyamada etrafında dönüyor. Yeni okulundaki ilk gününde, güzel bir ikinci sınıf öğrencisi olan Chizuru Minamoto ondan müzik odasında yalnız buluşmasını ister. Oraya vardığında, Chizuru aslında bir tilki tanrıçası olduğunu açıklar ve o günden sonra ikili birlikte takılmaya başlar. Nozomu ise Kouta'nın okulunda birinci sınıf bir kız öğrencidir, aslında bir kurt tanrıçasıdır ve Kouta'ya aşıktır, bu yüzden Kouta'nın sevgisi için Chizuru'nun rakibidir.