Otuz yıl önce "uzay depremi" adı verilen garip bir olay Avrasya'nın merkezini yerle bir etti ve en az 150 milyon insanın hayatına mal oldu. O zamandan beri, daha küçük uzay depremleri düzensiz aralıklarla dünyayı kasıp kavuruyor. Sıradan bir lise öğrencisi gibi görünen Shido Itsuka, bir uzay depreminin merkez üssünde gizemli bir kızla karşılaşır ve ablası Kotori'den, bu kızın uzay depremlerinin gerçek nedeni olan ve dünyaya tezahür ettiklerinde meydana gelen "Ruhlar"dan biri olduğunu öğrenir. Ayrıca Kotori'nin, Ratatoskr örgütünün mürettebatını oluşturduğu Fraxinus hava gemisinin komutanı olduğunu ve Ruhların güçlerini mühürleyerek onları insanlık için bir tehdit olmaktan çıkarmak için gizemli yeteneğini kullanması için işe alındığını öğrenir. Ancak bir pürüz vardır: Bir Ruh'un gücünü mühürlemek için onun kendisine aşık olmasını sağlamalı ve onu öpmelidir.