Cowboy Bebop, geçmişlerinden kaçmaya çalışan üç ödül avcısı, namıdiğer "kovboy" hakkındadır. Birbirlerinden ne kadar farklı olurlarsa olsunlar, Spike Spiegel, Jet Black ve Faye Valentine, doğru fiyata güneş sisteminin en tehlikeli suçlularını avlamaya hazır, derme çatma, alaycı bir ekip oluştururlar. Ancak geçmişleri nihayet onları yakalayana kadar, kavgalardan sadece tekmeleyip laf sokarak ne kadar sıyrılabilirlerse o kadar sıyrılabilirler.