Özel yetenekler, ergenlik dönemindeki küçük bir erkek ve kız yüzdesinde ortaya çıkar. Yū Otosaka, gücünü başkalarının bilmeden kullanır ve oldukça normal, sıradan bir okul hayatı sürer. Önünde aniden bir kız belirir, Nao Tomori. Onunla tanışması sayesinde, özel güç kullanıcılarının kaderi açığa çıkacaktır.