İnsanlığın Gastrea adlı viral parazitler tarafından yenildiği yakın bir gelecek. Küçük bir bölgeye sürülmüşler ve dehşet içinde, umutsuz bir şekilde yan yana yaşıyorlar. Karanlığa hapsolmuş bu dünyada— Tokyo yakınlarında yaşayan ve Gastrea ile savaşma konusunda uzmanlaşmış bir organizasyon olan "Sivil Güvenlik" üyesi Rentaro, tehlikeli görevleri yerine getirmeye alışkındır. Ortağı, zeki bir genç kız olan Enju'dur. Bir gün hükümetten özel bir görev alana kadar, tuhaf güçleri sayesinde savaşırlar. Bu gizli görev, Tokyo'nun yok olmasını engellemektir... Yakın bir gelecekte geçen bu heyecan verici kahramanlık-aksiyon hikayesi... şimdi başlıyor!