Kamijou Touma, teknoloji açısından son derece gelişmiş bir yer olan Akademi Şehri'nde yaşayan bir öğrencidir. Sıfır seviyesinde bir esper (gücü olmayan) olarak değerlendirilmesine rağmen, sağ elinde herhangi bir gücü etkisiz hale getiren Imagine Breaker adlı bir yeteneğe sahiptir. Touma, Necessarius adlı güçlü bir sihir örgütünün üyesi olan ve kaçmaya çalışan genç bir kız olan Index ile karşılaşır. Her türlü bilgiyi ezberleme yeteneğiyle kutsanmış olan Index, kafasında 103.000 yasaklı sihir kitabı barındırmaktadır. Bilim ve sihirin kesiştiği bu heyecan verici bilim şehrinde, Touma, esperler ve sihirbazlar arasında birçok tehlikeyle yüzleşmek zorundadır.