Главнокомандујући почиње са Галватроном који води нову групу Дестрона у рат против Сеибертрона, Дестронских Главнокомандујућих. Кибертронци су спашени доласком Кибертронских Главнокомандујућих, предвођених Фортресом (Цереброс, глава Фортрес Максимуса). Открива се да је Фортрес напустио Сеибертрон пре милион година у потрази за енергијом и коначно успео да се врати кући. Он објашњава да су Главнокомандујући са планете Мастер; роботи величине човека који тамо живе, направили су себи тела величине Трансформерса.