Stargate Universe prati grupu vojnika, naučnika i civila koji moraju da se bore za opstanak kada su primorani da prođu kroz Stargate kada njihova skrivena baza doživi napad. Očajni preživeli se pojavljuju na drevnom brodu, koji je zaključan na nepoznatom kursu i nije u mogućnosti da se vrati na Zemlju. Suočeni sa potrebom da zadovolje osnovne potrebe za hranom, vodom i vazduhom, grupa mora da otkrije tajne Stargate-a na brodu kako bi preživela. Opasnost, avantura i nada koje pronalaze na brodu Destiny otkriće heroje i zlikovce među njima.