Pokémon Origins prati Crvenog na njegovom putovanju kroz region Kantou u pokušaju da kompletira svoj "Pokédex" hvatajući i katalogizujući sve postojeće Pokémone. Na tom putu otkriće da u njemu i njegovim ciljevima ima više nego što je prvobitno mislio. Crveni će morati da dovede sebe i svoje Pokémone do krajnjih granica u specijalnim teretanama čiji su vođe koraci na putu ka Pokémon Ligi, kako bi izazvao Elitnu Četvorku i postao Šampion Pokémon Lige. Pored svojih ciljeva da postane Šampion, Crvenog muče i drugi problemi. Postoje i drugi koji hvataju i treniraju Pokémone iz zlokobnijih razloga, a zloglasna kriminalna organizacija Tim Raketa je jedna od njih. Ako Crveni uspe da ih porazi, kolege trenere, svog rivala Zelenog i divlje Pokémone širom Kantou, možda će ispuniti svoj san, kao i san Doktora Ookida.