Naruto: Shippuden je nastavak originalne animirane serije Naruto. Priča se vrti oko starijeg i malo zrelijeg Uzumakija Naruta i njegove potrage da spasi svog prijatelja Učihu Sasukea iz kandži zmijolikog Šinobija, Oročimaru. Nakon 2 i po godine, Naruto se konačno vraća u svoje selo Konoha i kreće da ostvaruje svoje ambicije, iako to neće biti lako, jer je stekao nekoliko (opasnijih) neprijatelja, poput organizacije Šinobija; Akatsuki.