U feudalnom Japanu, narod Eda je pod opsadom džinovskih insekata koji pustoše zemlju. Narod očajnički moli vladu da nešto preduzme. Tako je osnovana Kancelarija za suzbijanje insekata, okupljajući snažne ratnike da brane od najezde štetočina. Mushibugyou prati Jinbeija Tsukishimu, mladog čoveka koji teži da postane majstor mačevalac poput svog oca. Da bi ispravio užasan incident koji se dogodio njegovom krivicom, Jinbei nastoji da zauzme mesto svog oca kao člana Kancelarije za suzbijanje insekata. Na svom putu tamo, upoznaje prelepu Haru, mladu ženu koja pomaže u vođenju čajdžinice njene porodice, i primoran je da dobro iskoristi svoj mač spasavajući je od strašne sudbine. Ovaj čin hrabrosti donosi mu mesto u Kancelariji za suzbijanje insekata. Hoće li ovaj novajlija istrebljivač uspeti da oslobodi zemlju od horde insekata koji je preplavljuju?