Kobato je slatka, vesela, simpatična, ali naivna devojka koja ima ugovor: da bi otišla na određeno mesto, mora da napuni misterioznu bocu "izlečenim srcima" ljudi. Međutim, ograničenje je da mora da završi pre nego što četiri godišnja doba prođu. Dok Kobato pokušava da ispuni svoju misiju, u društvu joj je Ioryogi, duh u obliku plišanog psa. Pošto je Ioryogi odgovoran za kaznu koja mu je izrečena, zajedno sa njegovim prijateljima iz duhovnog sveta, mora da vodi Kobato i osigura da uspe u svojoj misiji, kako bi on i njegovi prijatelji mogli da se vrate svojim pravim oblicima.