Fullmetal Alchemist: Brotherhood smešten je u fiktivni svet gde je alhemija – transmutacija sirovih materijala u objekte – nauka i način života. Serija prati braću Elrik, Edvarda i Alfonza, na njihovom opasnom putu u potrazi za legendarnim "Filozofskim kamenom". Kreću u avanturu nadajući se da će magični artefakt moći da vrati njihova tela nakon neuspešnog pokušaja da ožive svoju mrtvu majku, što je Edvardu koštalo levu nogu i desnu ruku, dok je Alfonzovo celo telo nestalo, ostavljajući njegovu dušu vezanu za oklop.