Kauboj Bebop prati tri lovca na ucene, poznate kao "kauboji", koji pokušavaju da pobegnu od prošlosti. Različiti koliko i smrtonosni, Spajk Spigel, Džet Blek i Fej Valentin čine neobičnu, ciničnu ekipu spremnu da lovi najopasnije kriminalce Sunčevog sistema – za pravu cenu. Ali, oni mogu samo do određenog trenutka da se izvlače iz nevolja uz udarce i sarkastične opaske, pre nego što ih prošlost konačno stigne.