Anos após a série anterior de Yu-Gi-Oh!, GX acompanha uma nova geração de duelistas na prestigiada Academia de Duelo — um internato altamente competitivo onde lápis e livros foram substituídos por Discos de Duelo e cartas de monstros! Ainda assim, para esses alunos promissores, não se trata apenas de passar de ano – trata-se de se tornarem o próximo Rei dos Jogos!