Kaito, um estudante do primeiro ano do ensino médio que adora quebra-cabeças, é selecionado como candidato para "Phi Brain". Ele e sua amiga Nonoha encontram um "quebra-cabeça insolúvel" perto de sua escola. O quebra-cabeça se revela um "quebra-cabeça filosófico" que ameaça a vida, criado pelo misterioso grupo P.O.G. (Puzzle Of God). Após resolver o quebra-cabeça com sucesso, Kaito é designado como um Solver e se junta a outros Solvers enquanto eles batalham contra o P.O.G. ao redor do mundo, resolvendo os "quebra-cabeças filosóficos".