Shio Ogura, um aparentemente normal estudante japonês do ensino médio, que, enquanto visita Taiwan em uma viagem escolar, é repentinamente atacado por monstros. Agentes conhecidos como "Portadores de E-Gene" da agência governamental DOGOO também chegam, armados com armas infundidas com os espíritos de figuras históricas. No entanto, no meio de tudo isso, Shio é revelado como um Portador de E-Gene quando a alma de Oda Nobunaga desperta após ela tentar resgatar um amigo.