No país de Gazth-Sonika, a guerra civil se intensifica. Lá, uma mercenária chamada Madlax exerce sua profissão com uma habilidade quase sobrenatural. No aparentemente pacífico país de Nafrece, Margaret Burton leva uma vida tranquila. Por mais separadas que suas vidas possam parecer, as duas estão conectadas por laços de mistério e por um livro sagrado que também é cobiçado pela sombria organização Anfan. À medida que Margaret e Madlax seguem o caminho de seu destino, elas se aproximam cada vez mais de descobrir a verdade - sem garantia de que seja uma verdade que possam suportar aprender.