Kyle XY é um mistério incrível sobre um adolescente sem passado. A série narra a surpreendente jornada de Kyle, um gênio de 16 anos que não possui comportamentos humanos instintivos, como raiva, alegria e amor, e da família que o encontrou. Após sair da floresta e ser encontrado caminhando em meio ao tráfego, Kyle é enviado para um centro de detenção juvenil, onde tem seu primeiro contato com a experiência de comer alimentos e interagir com humanos: nem tudo é amigável. No centro, eles percebem que Kyle não é como qualquer adolescente comum, especialmente quando descobrem que ele não tem umbigo. Com perguntas como 'Quem é esse garoto?' e 'De onde ele veio?', a psicóloga Nicole Trager é chamada para ajudar a obter algumas respostas tão necessárias.