O Prisioneiro conta a história de um homem, Seis, que acorda e se encontra inexplicavelmente preso em um lugar misterioso e surreal, A Vila, sem memória de como chegou lá. Enquanto explora freneticamente seu novo ambiente, ele descobre que os moradores da Vila são identificados por números, não têm memória de nenhuma existência anterior e estão sob vigilância constante. A Vila é controlada por um homem - o sinistro e carismático Dois. Ao longo da série, Seis e Dois estão envolvidos em uma batalha de inteligência, enquanto Seis desafia a natureza opressiva da Vila e luta para descobrir a verdade por trás dela.