A história de Hunter × Hunter foca em um jovem chamado Gon Freecss, que um dia descobre que o pai que sempre lhe disseram estar morto está vivo e bem. Ele descobre que seu pai, Ging Freecss, é um Hunter lendário, uma pessoa que se provou por meio de exames ser um membro de elite da humanidade, com uma licença para ir a qualquer lugar ou fazer qualquer coisa. Apesar do fato de que seu pai abandonou Gon com seus parentes para seguir seus sonhos, Gon se torna determinado a seguir os passos de seu pai, passar no exame de Hunter e, eventualmente, encontrar seu pai, para se provar como um Hunter por direito próprio.