Edward Elric, um jovem e brilhante alquimista, perdeu muito em seus doze anos de vida: quando ele e seu irmão Alphonse tentam ressuscitar sua mãe morta através do ato proibido da transmutação humana, Edward perde sua família, além de dois de seus membros. Com suas habilidades alquímicas supremas, Edward liga a alma de Alphonse a uma armadura grande. Um ano depois, Edward, agora promovido a alquimista de metal completo do estado, embarca em uma jornada com seu irmão mais novo para obter a Pedra Filosofal. O lendário objeto mítico é dito ser capaz de amplificar as habilidades de um alquimista de maneira extraordinária, permitindo que eles ignorem a lei fundamental da alquimia: para ganhar algo, um alquimista deve sacrificar algo de igual valor. Edward espera utilizar os recursos militares para encontrar a pedra lendária com seu poder e restaurar os corpos dele e de Alphonse ao normal. No entanto, os irmãos Elric logo descobrem que há mais na pedra lendária do que aparenta, à medida que são levados ao epicentro de uma batalha muito mais sombria do que poderiam ter imaginado.