O cenário é um mundo paralelo a Fate/stay night, onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Após muitos anos de silêncio, por volta da mesma época em que a Quinta Guerra do Santo Graal teria acontecido, os Yggdmillennia, uma família de magos, declaram abertamente sua secessão da Associação de Magos e que estão de posse do Graal. A Associação despacha cinquenta magos para recuperá-lo, e todos, exceto um, são instantaneamente massacrados por um Servo misterioso. O único sobrevivente consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a invocação de catorze Servos no total. Na cidade de Trifas, duas facções lutarão pelo controle da relíquia sagrada, cada uma possuindo sua própria equipe de sete Servos: a Facção Negra, cujos membros fazem parte dos Yggdmillennia, protegendo o Graal, e a Facção Vermelha, cujos membros foram enviados pela Associação de Magos, tentando recuperar o Graal. Para um evento desta escala, o próprio Graal convoca seu próprio Servo, a santa Ruler, para supervisionar o conflito. Este marca o início da Grande Guerra do Santo Graal.