No final do século 19, Allen Walker se junta oficialmente à organização dos Exorcistas que destruem os seres conhecidos como Akuma; armas mecânicas feitas pelo Conde Milênio com as almas sofredoras dos mortos. Allen possui tanto um olho amaldiçoado quanto uma arma anti-Akuma como braço, carregando o poder da "Inocência", um presente dado a ele como apóstolo de Deus. Allen, junto com seus companheiros Exorcistas, deve interromper o plano final do Conde Milênio que pode levar à destruição do mundo e de todos que nele habitam.