Complicações gira em torno do desiludido médico suburbano John Ellison, que, enquanto ainda lida com os efeitos emocionais da morte de sua filha, inesperadamente se torna um herói vigilante ao intervir em um tiroteio, salvando a vida de um menino. Quando John descobre que o menino ainda está marcado para morrer, ele se sente compelido a salvá-lo a qualquer custo. Ao longo dessa jornada, ele deve comprometer seus princípios, muitas vezes fazendo a coisa errada por todas as razões certas. A série também apresenta Gretchen, uma enfermeira imprudente, mas capaz; a esposa de John, Samantha, que, enquanto tenta apoiar o marido, luta com seus próprios problemas; e a colega de trabalho de John, Dra. Bridget O'Neill, que se vê lidando com as consequências de suas ações.