Os Navios Negros chegam a Kyoto enquanto o xogunato cambaleia rumo à ruína. Vivendo em meio ao caos está Nio, um garoto de bom coração prestes a descobrir seu destino. Ele conhece dois "Miburo", Hijikata Toshizo e Okita Soji, membros da tropa de ronins de Mibu que mais tarde se tornariam os famosos Shinsengumi. Com sonhos de um mundo melhor, Nio se junta à luta deles para defender a cidade.