Kilka lat po poprzedniej serii Yu-Gi-Oh!, GX śledzi nową generację duelistów w prestiżowej Akademii Pojedynków – niezwykle konkurencyjnej szkole z internatem, gdzie ołówki i książki zostały zastąpione przez Dyski Pojedynków i karty potworów! Jednak dla tych obiecujących uczniów nie chodzi tylko o zaliczenie przedmiotów – chodzi o to, by zostać kolejnym Królem Gier!