Stargate Universe śledzi grupę żołnierzy, naukowców i cywilów, którzy muszą radzić sobie sami, gdy zostają zmuszeni do przejścia przez Stargate, gdy ich ukryta baza zostaje zaatakowana. Zdesperowani ocalańcy pojawiają się na pokładzie starożytnego statku, który jest zablokowany na nieznanym kursie i nie może wrócić na Ziemię. Stając w obliczu zaspokajania podstawowych potrzeb, takich jak jedzenie, woda i powietrze, grupa musi odkryć tajemnice Stargate statku, aby przetrwać. Niebezpieczeństwo, przygoda i nadzieja, które znajdują na pokładzie Destiny, ujawnią bohaterów i złoczyńców wśród nich.