Star Trek: Lower Decks skupia się na załodze pomocniczej służącej na jednym z najmniej ważnych statków Gwiezdnej Floty, U.S.S. Cerritos, w roku 2380. Chorążowie Mariner, Boimler, Rutherford i Tendi muszą pogodzić swoje obowiązki z życiem towarzyskim, często w sytuacji, gdy statek jest targany przez mnóstwo anomalii science-fiction.