Świat Błękitny, symbolizujący rozum, jest nieustannie atakowany przez stworzenia zwane Nightfly O'Note, pochodzące ze Świata Czerwonego, symbolizującego instynkt. Akira Asagi, 17-letnia protagonistka i badaczka ze Świata Błękitnego, zostaje nominowana do dowodzenia wojną w Ryuukyuu LAG, dumnej placówce obronnej na wyspach Ishigaki i Iriomote. Tam poznaje szósty oddział bojowy "IS", który powstał cztery lata po zaciekłej bitwie, w której zginął piąty oddział. Akari musi poprowadzić tych sześciu jeźdźców, zwanych również Scared Rider Xechs, do walki z innym światem, jednocześnie pogłębiając relacje między nimi.