Kaito, uczeń pierwszej klasy liceum kochający łamigłówki, zostaje wybrany jako kandydat do "Phi Brain". On i jego przyjaciółka Nonoha znajdują w pobliżu swojej szkoły "nierozwiązywalną zagadkę". Okazuje się, że zagadka ta jest zagrażającą życiu "filozoficzną łamigłówką" stworzoną przez tajemniczą grupę P.O.G. (Puzzle Of God). Po jej pomyślnym rozwiązaniu, Kaito zostaje wyznaczony na Rozwiązywacza i dołączają do niego inni Rozwiązywacze, z którymi walczy z P.O.G. na całym świecie, rozwiązując "filozoficzne łamigłówki".