Serial opowiada o Nadii, młodej dziewczynie o nieznanym pochodzeniu, i Jean, młodym francuskim wynalazcy. Na początku historii głównych bohaterów ściga grupa złodziei klejnotów: Grandis Granva, Sanson i Hanson, którzy polują na Nadię z powodu posiadanej przez nią niebieskiej, klejnotowej zawieszki. Po uratowaniu przez Kapitana Nemo i jego łódź podwodną, Super Sea Cruiser Nautilus, złodzieje klejnotów i młodzi bohaterowie łączą siły i biorą udział w walce z siłami Neo-Atlantean, które dążą do zdominowania świata. W międzyczasie Nadia i Jean ratują świat przed brutalną dominacją sił Neo-Atlantean pod wodzą Gargoyle'a, odkrywają światowe tajemnice i moce niebieskiej zawieszki, poznają ukryte więzi rodzinne Nadii, a ostatecznie odkrywają jej sekretne pochodzenie.