Yukiteru Amano (Yuki) to samotnik, który nigdy tak naprawdę nie nawiązuje kontaktów z ludźmi i woli pisać pamiętnik na swoim telefonie komórkowym, a jego jedynym towarzyszem jest wyimaginowany przyjaciel o imieniu Deus Ex Machina, Bóg Czasu i Przestrzeni. Jednak Yuki wkrótce dowiaduje się, że Deus nie jest wytworem jego wyobraźni, ale rzeczywistością, gdy Deus czyni go uczestnikiem gry typu battle royale wraz z jedenastoma innymi osobami. W ramach tej "Gry w Pamiętniki" uczestnicy otrzymują specjalne pamiętniki, które potrafią przewidywać przyszłość, a każdy pamiętnik posiada unikalne cechy, które dają im zarówno przewagi, jak i wady.