W kraju Gazth-Sonika trwa wojna domowa. Tam, najemniczka o imieniu Madlax wykonuje swój zawód z niemal nadprzyrodzoną zręcznością. W pozornie spokojnym kraju Nafrece, Margaret Burton prowadzi spokojne życie. Choć ich życia wydają się być całkowicie odrębne, łączy je tajemnicza więź oraz święta księga, której poszukuje również mroczna organizacja Anfan. Gdy Margaret i Madlax podążają ścieżką swojego przeznaczenia, zbliżają się do odkrycia prawdy - bez gwarancji, że jest to prawda, którą będą w stanie znieść.