Lamune opowiada historię chłopca o imieniu Kenji i jego przyjaciółki z dzieciństwa, Nanami. Chociaż wszyscy zdają się wiedzieć, że coś ich łączy, żadne z nich nie jest zdecydowane posunąć się dalej niż tylko bliska przyjaźń. Historia przedstawiona jest poprzez retrospekcje, wyjaśniając, dlaczego są tak blisko związani i jak żadne działanie nie wydaje się ich rozdzielać, a wręcz przeciwnie – zbliżać.