Oparte na nagradzonej powieści Holdena Shepparda pod tym samym tytułem, "Niewidzialni chłopcy" śledzi losy trzech nastolatków z nadmorskiego miasteczka Geraldton w Zachodniej Australii, którzy odkrywają swoją tożsamość, przyjaźnie i złożone relacje rodzinne. W centrum "Niewidzialnych chłopców" znajdują się Zeke, Charlie i Hammer, z których każdy zmaga się z własnymi wyzwaniami, jednocześnie szukając akceptacji i przynależności. Na tle plebiscytu w sprawie małżeństw osób tej samej płci w 2017 roku, serial zgłębia problemy grupy gejowskich nastolatków z odległego nadmorskiego miasteczka Geraldton w Australii Zachodniej, po tym jak jeden z nich zostaje ujawniony w mediach społecznościowych po spotkaniu z żonatym mężczyzną. Tworząc zgraną paczkę przyjaciół, chłopcy znajdują w sobie nawzajem ukojenie i wsparcie, odkrywając swoje pragnienia i tożsamość w świecie, który często czyni ich niewidzialnymi.