Fullmetal Alchemist: Brotherhood rozgrywa się w fikcyjnym świecie, w którym alchemia – transmutacja surowców w przedmioty – jest nauką i sposobem na życie. Seria śledzi braci Elric, Edwarda i Alphonse'a, w ich niebezpiecznej podróży w poszukiwaniu legendarnego "Kamienia Filozoficznego". Wyruszają z nadzieją, że magiczny artefakt może przywrócić ich ciała po nieudanej próbie ożywienia zmarłej matki, która kosztowała Edwarda lewą nogę i prawą rękę, podczas gdy całe ciało Alphonse'a zostało utracone, a jego dusza została przytwierdzona do zbroi.