Akcja rozgrywa się w równoległym świecie do Fate/stay night, gdzie Wielki Święty Kielich tajemniczo zniknął z Fuyuki po Trzeciej Wojnie o Świętego Kielicha. Po latach ciszy, mniej więcej w czasie, gdy powinna odbyć się Piąta Wojna o Świętego Kielicha, Yggdmillennia, rodzina magów, otwarcie ogłasza swoją secesję od Stowarzyszenia Magów i oświadcza, że posiada Kielich. Stowarzyszenie wysyła pięćdziesięciu magów, aby go odzyskać, ale wszyscy oprócz jednego zostają natychmiast zabici przez tajemniczego Sługę. Jedynemu ocalałemu udaje się aktywować system rezerwowy Wielkiego Świętego Kielicha, umożliwiając przywołanie łącznie czternastu Sług. W mieście Trifas dwie frakcje będą walczyć o kontrolę nad świętą relikwią, a każda z nich będzie posiadać własną drużynę siedmiu Sług: Czarną Frakcję, której członkowie należą do Yggdmillennia i chronią Kielich, oraz Czerwoną Frakcję, której członkowie zostali wysłani przez Stowarzyszenie Magów i próbują odzyskać Kielich. Z okazji tego wydarzenia na taką skalę, sam Kielich przywołuje swojego własnego Sługę, świętego Władcę, aby nadzorował konflikt. To oznacza początek Wielkiej Wojny o Świętego Kielicha.