Pod koniec XIX wieku Allen Walker oficjalnie dołącza do organizacji Egzorcystów, którzy niszczą istoty znane jako Akuma; mechaniczne bronie stworzone przez Millennium Earl z cierpiących dusz zmarłych. Allen ma zarówno przeklęte oko, jak i broń anty-Akuma w postaci ramienia, nosząc moc "Niewinności", dar dany mu jako apostołowi Boga. Allen, wraz z innymi Egzorcystami, musi powstrzymać ostateczny plan Millennium Earl, który może doprowadzić do zniszczenia świata i wszystkich, którzy na nim żyją.