Trzydzieści lat temu dziwne zjawisko zwane „trzęsieniem przestrzeni” zdewastowało centrum Eurazji, pochłaniając życie co najmniej 150 milionów ludzi. Od tego czasu mniejsze trzęsienia przestrzeni nieregularnie nawiedzają świat. Shido Itsuka, pozornie zwyczajny licealista, napotyka tajemniczą dziewczynę w epicentrum trzęsienia przestrzeni i dowiaduje się od swojej siostry Kotori, że jest ona jedną z „Duchów”, które są prawdziwą przyczyną trzęsień przestrzeni, gdy manifestują się w świecie. Dowiaduje się również, że Kotori jest dowódcą sterowca Fraxinus, załogowanego przez organizację Ratatoskr, i zostaje zrekrutowany, aby wykorzystać swoją tajemniczą zdolność do pieczętowania mocy Duchów, tym samym powstrzymując je przed zagrożeniem dla ludzkości. Jest jednak haczyk: aby zapieczętować moc Ducha, musi sprawić, by zakochała się w nim i go pocałowała.