Cowboy Bebop opowiada o trójce łowców nagród, zwanych "kowbojami", którzy próbują uciec przed przeszłością. Różni jak śmierć, Spike Spiegel, Jet Black i Faye Valentine tworzą zgraną, sarkastyczną załogę gotową wytropić najgroźniejszych przestępców Układu Słonecznego – za odpowiednią cenę. Ale mogą tylko kopać i rzucać złośliwostkami, by wyjść z tylu potyczek, zanim ich przeszłość w końcu ich dopadnie.